Pro Vistiliaco a été fondée le 30 avril 1977, à Sugiez. Trois personnes en furent à l’origine: le prof. Olivier Reverdin (Uni Genève), le prof. Hans-Georg Bandi (Uni Berne) et l’archéologue cantonale fribourgeoise Hanni Schwab. Le projet de ces trois éminentes personnalités de l’archéologie en Suisse était de fouiller le Mont Vully, «monument national dont il y a tout lieu de penser qu’il livrera des informations capitales sur une période encore obscure de notre histoire», écrivaient-ils dans une circulaire en février 1976.
Ses premiers statuts précisaient que l’association pouvait «entreprendre elle-même les fouilles», avec l’autorisation du canton de Fribourg et de la commune du Bas-Vully. C’est ce qu’elle fit dès 1978, avec notamment le soutien financier du Fonds national suisse de la recherche scientifique (FNS). Pour mener à bien ses recherches, Pro Vistiliaco était dotée d’une commission scientifique. Jusqu’en 1988, une étroite collaboration s’est instaurée entre les responsables des fouilles (Gilbert Kaenel et Philippe Curdy) et le Service archéologique du canton de Fribourg.
Outre le financement partiel des fouilles, Pro Vistiliaco a déployé et déploie plusieurs activités pour faire connaître le site archéologique du Mont Vully.
La loi fribourgeoise sur la protection des biens culturels (LPBC) de 1991 précise les prérogatives de l’Etat en matière de fouilles archéologiques et définit les conditions dans lesquelles ces dernières peuvent être engagées.
Le 30 avril 2005, l’assemblée générale a adopté la révision des statuts. Elle a notamment supprimé sa commission scientifique, rendue caduque par la loi fribourgeoise.
Au 31 décembre 2017 Pro Vistiliaco comptait 320 membres.
L’association Pro Vistiliaco a été successivement présidée par
Paul Gaillard, Emile Seylaz, Alfred Wacker, Hanni Schwab et Carmen Buchillier (de 2000 à 2006). Claude-Alain Gaillet en est le président actuel.